Här är en lista över de hotade arter som påträffats på Södra hällarna. Indelningen är gjord efter IUCNs kategorisering av rödlistade arter. En beskrivning på svenska finns på ArtDatabankens hemsida.
EN (Starkt hotade)
alpklöver
alvarveronika
flockskivling
hylsnejlika
slät taggsvamp
VU (Sårbara)
flockarun
grådådra
ljungsnärja
ljungögontröst
småtörel
toppjungfrulin
vittåtel
östkustarv
svartfläckig blåvinge
hårig dolkstekel
NT (Missgynnade)
backfingerört
gotlandsmåra
gotlandssolvända
gotländsk haverrot
paddfot
sandsvingel
stenmalört
stjälkröksvamp
åkerriddarsporre
apollofjäril
berguv (även EU:s fågeldirektiv)
gördelljusmott
hämpling
mindre hackspett
rapphöna
silversmygare
skogsduva
stenskvätta
sånglärka
törnskata (även EU:s fågeldirektiv)
väpplingblåvinge
ängsnätfjäril
Övriga
svartklint (tidigare listad EN)
skuggtråding (Nästan okänd; nyligen noterad på 2-3 lokaler i Sverige)
halsbandsflugsnappare (EU:s fågeldirektiv)
spillkråka (EU:s fågeldirektiv)
trädlärka
